감심2021-1077(20230720) 취득세
취득세 등 경정청구 거부처분에 관한 심사청구
[이유]
1. 원 처분의 요지
가. 청구인은 2015. 11. 23. 주식회사 (이하 “”이라 한다)로부터 ㊁일반산업단지 내인 충청남도 ㊀시 ㊂ 외 1필지 소재 공장 건축물(연면적 6,326.04㎡,이하 “이 사건 건물”이라 한다) 및 그 부속토지(면적 16,781.9㎡, 이하 이 사건 건물과 합하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 매입하여 취득하고, 같은 날 취득세 등 322,000,000원을 신고·납부하였다.
나. 청구인은 2017. 1. 11.과 같은 해 4. 6. 이 사건 건물을 증축(연면적 5,548.64㎡)하였고, 2020. 10. 14. 이 사건 부동산이 구 「지방세특례제한법」(2015.12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따른 취득세 감면대상에 해당한다며 기납부한 이 사건 부동산의 취득세 등 199,500,000원1)을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
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주1) 취득세 210,000,000원, 지방교육세 21,000,000원, 농어촌특별세 -31,500,000원
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다. 처분청은 2020. 12. 4. 이 사건 부동산 중 토지에 대하여는 감면대상으로 인정하여 취득세 등 119,700,000원 환급을 결정2)하고, 이 사건 건물은 감면대상에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구 일부 거부통지(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)를 하였다.
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주2) 처분청은 토지분에 해당하는 취득세 등을 환급하고 2016년부터 2020년까지의 재산세(토지)에 대해서도 감면대상으로 인정하여 20,145,370원을 환급함
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2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
청구인은 산업단지 안에서 공장을 증축하기 위하여 이 사건 부동산을 승계취득하였으므로, 이 사건 부동산은 구 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목에 따른 ‘산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산’에 해당한다.
대법원 판결3) 및 감사원 결정4), 행정안전부 유권해석5) 등에 따르더라도 기존 건축물 및 토지를 승계취득한 후, 산업용 건축물을 증축한 경우에 기존의 건축물 및 그 부속토지는 취득세 감면대상에 포함한다고 되어 있다.
따라서 청구인이 위 규정에 따라 토지뿐만 아니라 이 사건 건물에 대해서도 취득세 감면요건을 갖추었는데도 처분청이 이 사건 거부처분을 한 것은 위법하다.
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주3) 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두21341 판결
주4) 감사원 2019. 7. 25. 자 2018-심사-420 결정
주5) 행정안전부 지방세특례제도과-3174(2015. 11 .17.)
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3. 처분청의 의견
청구인이 2017년에 신·증축한 이 사건 건물의 부속토지는 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 인정되나 이 사건 건물은 전 소유자가 2006. 8. 23. 사용승인을 받아 취득세 및 재산세를 감면받았으므로 산업단지 준공 후 공장설립 촉진이라는 입법목적이 이미 달성되었다고 볼 수 있는바, 이 사건 건물은 감면대상에 해당하지 않는다.
4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 산업단지 안에서 기존 산업용 건축물 및 그 부속토지를 승계취득하여 기존 건축물을 증축한 경우 기존 건축물이 그 부속토지와 함께 취득세 감면대상에 포함되는지 여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 2015. 10. 13. 과 이 사건 부동산의 매매계약을 체결한 후 같은 해 11. 13. 잔금을 지급하여 취득하고 소유권이전등기를 마쳤다.
2) 청구인은 2016. 5. 26. 처분청으로부터 이 사건 건물에 대한 증축허가를 받았고, 2016. 6. 3. 청구 외 주식회사와 증축 공사계약을 체결하였다.
3) 청구인은 2016. 6. 13. 증축공사를 착공하여 2017. 1. 11.과 2017. 4. 6. 처분청으로부터 사용승인을 받았고, 증축 내역은 [표 1]와 같다.

5) 청구인은 2020. 10. 14. 이 사건 부동산을 2016. 12. 31. 이전에 취득하고 이 사건 건물을 증축함으로써 구 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따른 취득세 감면대상에 해당한다며 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 199,500,000원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
6) 처분청은 2020. 12. 4. 청구인에게 이 사건 거부처분을 하였고, 그 사유는 [표 2]와 같다.

다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 등 [별지]
기재와 같다.
라. 판단
구 「지방세특례제한법」 제78조 제4항(이하 “이 사건 감면규정”이라 한다)에 따르면 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 등 지역에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 506)을 2016. 12. 31.까지 경감하도록 되어 있다.
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주6) 구 「지방세특례제한법」 제78조 제8항에 따라 지방자치단체장이 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있음
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조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법률은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.7)
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주7) 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등
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위 관계 법령 및 법리, 인정사실 등에 비추어 이 사건 부동산이 이 사건 감면규정에 따른 취득세 감면대상에 해당되는지 여부를 살펴보면, 처분청은 토지의 경우 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 인정되지만 이전 소유자가 건축하여 취득세와 재산세를 감면받은 기존 건축물의 경우 산업단지 준공 후 공장설립 촉진이라는 입법목적이 이미 달성되었다고 볼 수 있으므로 감면대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 다음과 같은 사정들을 종합하여볼 때, 이 사건 건물을 포함한 이 사건 부동산에 대한 취득세는 이 사건 감면규정에 따라 감면되어야 하므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 거부처분은 위법하다고 판단된다.
① 이 사건 감면규정은 산업용 건축물 등을 ‘건축’하려는 자가 ‘취득’하는 ‘부동산’을 지방세 감면대상으로 규정하고 있다.
그런데 구 「지방세특례제한법」 제2조 제2항에 따르면 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 「지방세법」에서 정하는 바에 따르도록 되어 있는바, 「지방세법」 제6조에 따르면 ‘취득’이란 원시취득, 승계취득 또는 유·무상의 모든 취득을 의미하며(제1호), ‘부동산’이란 토지 및 건축물을 말하고(제2호), ‘건축’이란 「건축법」 제2조 제1항 제8호에 따른 건축을 말하며(제5호), 「건축법」제2조 제1항 제8호에서 ‘건축’이란 건축물을 신축·증축·개축·재축하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다고 되어 있다.
이러한 관련 법 규정들을 종합하면 이 사건 감면규정의 ‘건축’을 신축 또는 개축으로, ‘취득’을 원시취득 또는 최초취득으로 축소해석하거나 위 규정의 적용 범위가 산업용 건축물이 존재하지 아니하는 토지 또는 기존의 산업용 건축물이 철거 또는 멸실될 예정이거나 이미 철거 중인 부동산에 한정된다고 해석할 합리적인 이유가 없다.8)
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주8) 대법원 2018. 7. 27. 선고 2018두41983 판결(전심 부산고등법원 2018. 3. 30. 선고 2017누23216 판결)
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따라서 조세법률주의의 원칙상 지방세 감면과 관련하여 「지방세특례제한법」을 해석할 때에도 특별한 사정이 없는 한 그 문언에 충실하게 해석하여야 할 것인바, 이 사건 감면규정에서 말하는 ‘산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산’이란 기존 건물을 취득하여 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하거나 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것으로 해석하는 것이 타당하다.9)
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주9) 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두21341 판결(전심 부산고등법원 2007. 9. 14. 선고 2006누5557 판결)
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② 승계취득한 기존의 산업용 건축물 및 그 부속토지에 대하여 취득세 감면 혜택을 부여하지 않을 필요성이 있는 경우 그러한 내용으로 관련 규정을 입법적으로 정비하는 것은 별론으로 하고, 그러한 필요성이 있다는 이유로 이 사건 감면규정을 그 문언과 달리 해석할 수는 없다.
③ 새로운 소유자가 산업단지 내 산업용 부동산을 승계취득하여 이를 본래의 용도로 계속 사용하도록 하고 아울러 산업용 건축물을 증축하도록 하는 유인을 제공함으로써 산업시설의 유치, 확충하고자 하는 입법목적을 달성할 수 있다는 점을 고려하면 산업단지 내 부동산의 소유권이 이전되는 과정에서 증축이 이루어지는 경우라 하더라도 그 증축이 산업단지 내 부동산 취득의 중요 부분을 구성하는 것으로 볼 수 있다면 산업단지 내 토지를 최초로 취득하여 그 지상에 산업용 건축물을 신축하는 경우와 달리 취급할 이유도 없다.10)
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주10) 구 「지방세특례제한법」 제78조 제7항, 구 「지방세특례제한법 시행규칙」(2016. 12. 30. 행정자치부령 제101호로 개정되기 전의 것) 제6조에 따르면 신축공장의 경우 건축물의 연면적이 200㎡ 이상이면 지방세 감면대상인 것으로 되어 있음
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④ 행정안전부도 산업단지 내 산업용 건축물이 있는 부동산을 승계취득한 후 증축하는 경우에 기존 건축물의 부속토지 및 증축한 건축물의 부속토지가 모두 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다고 유권해석11)한 바 있다.
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주11) 지방세특례제도과-915(2015. 4. 1.), 지방세특례제도과-3174(2015. 11. 17.) 등
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⑤ 인정사실 “1)항”부터 “4)항”까지의 내용과 같이, 청구인은 이 사건 부동산을 취득하고 이 사건 건물을 증축하기 위한 절차를 밟아 이 사건 부동산 취득일로부터 약 1년 5개월 만에 증축을 완료하여 쓰레기통 제조업을 영위하고 있고, 이 사건 건물 대비 증축한 면적이 0.88배로 증축 부분이 차지하는 비중이 상당하며, 증축 부분이 이 사건 부동산 전체의 사용·수익에 기여하는 정도도 높은 것으로 보이는 등 청구인이 이 사건 부동산을 취득하고 이 사건 건물을 증축하여 사업을 영위하고 있는 제반 사실관계를 종합해 보면 청구인이 산업용 건축물 등을 건축하려고 이 사건 부동산을 취득하였다고 보는 데 부족함이 없다.
⑥ 구 「지방세특례제한법」 제78조 제5항에 따르면 지방세 감면을 받은 자가 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 그 부동산을 해당 용도로 사용하지 않거나, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 취득세를 추징할 수 있으므로, 승계취득의 경우에도 지방세 감면 혜택을 받은 것이 부당하다고 할 것은 아니다.
5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
[별지]
관계 법령
□ 구 「지방세특례제한법」(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것)
○ 제2조(정의) ① (생략)
② 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 「지방세기본법」과 「지방세법」에서 정하는 바에 따른다. 다만, “제3장 지방소득세 특례”에서 사용하는 용어의 뜻은 「지방세기본법」 및 「지방세법」에서 정하는 경우를 제외하고 「조세특례제한법」 제2조에서 정하는 바에 따른다.
○ 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①~③ (생략)
④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역
가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지
나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역
다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지
2. 경감 내용
가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지경감한다.
나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑥ (생략)
⑦ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
□ 구 「지방세특례제한법 시행령」(2016. 12. 30. 대통령령 제27711호로 개정되기 전의 것)
○ 제29조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제58조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
1. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물
2.~4. (생략)
○ 제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조제2항 본문에서 “산업용 건축물 등 대통령령으로 정하는 부동산”이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
□ 구 「지방세특례제한법 시행규칙」(2016. 12. 30. 행정자치부령 제101호로 개정되기 전의 것)
○ 제6조(산업단지 등 입주 공장의 범위) 법 제78조제6항에 따른 공장의 범위는 「지방세법 시행규칙」 별표 2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설을 포함한다.
□ 「건축법」
○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1.~7. (생략)
8. “건축”이란 건축물을 신축·증축·개축·재축(再築)하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다.
8의2.~21. (생략)
② (생략)